Vedenpuhdistuslaitteiden huolto vaikuttaa suoraan sen puhdistustehoon ja käyttöikään, mikä edellyttää standardoitujen toiminta- ja tarkastusmenettelyjen luomista. Rutiinihuolto sisältää laitteen toimintatilan tarkkailun, tulo- ja poistoveden paineen tarkistamisen sekä tuotteen veden virtausnopeuden ja TDS-arvon tallentamisen. Nämä perustiedot auttavat havaitsemaan nopeasti epänormaalit trendit, kuten tuotteen vesivirtauksen vähenemisen tai johtavuuden lisääntymisen, mikä voi viitata suodattimen tukkeutumiseen tai kalvon likaantumiseen.
Suodattimen vaihto on huollon ydintehtävä. PP-puuvillasuodattimet vaihdetaan pääsääntöisesti 3–6 kuukauden välein ja aktiivihiilisuodattimet 6–12 kuukauden välein raakaveden laadusta ja vedenkulutuksesta riippuen. Ultrasuodatus- tai käänteisosmoosikalvojen käyttöikä on tyypillisesti 2–3 vuotta, mutta siihen vaikuttaa suuresti veden laatu. On suositeltavaa ottaa käyttöön uusi muistutusmekanismi, jotta vältetään pitkäaikainen käyttö, joka johtaa toissijaiseen kontaminaatioon tai järjestelmän tehokkuuden heikkenemiseen.
Säännöllinen puhdistus ja desinfiointi ovat myös tärkeitä. Pitkän-käytön jälkeen bakteerit voivat kasvaa helposti suodattimen pinnalle ja putkien sisäseinille muodostaen biokalvon. Kiertopuhdistukseen tarvitaan erikoispuhdistusaineita. RO-järjestelmissä suositellaan kemiallista puhdistusta 6 kuukauden välein kalvovirtauksen palauttamiseksi. Ultraviolettilamput tulee vaihtaa 1–2 vuoden välein, jotta sterilointitehokkuus on vähintään 80 %.
Lisäksi sähköliitännät, pumpun ja venttiilin toiminta sekä tiivisteet tulee tarkastaa säännöllisesti vuotojen tai sähköhäiriöiden estämiseksi. Laitteissa, joissa on vesisäiliö, säiliö on tyhjennettävä ja puhdistettava säännöllisesti, jotta estetään seisova vesi lisääntymästä mikro-organismeja. On suositeltavaa, että ammattilainen suorittaa vuosittain kattavan suorituskykytestin, joka sisältää tuotteen veden laadun, virtauksen talteenottonopeuden ja järjestelmän tiivistyksen.
